Początek świętu dał realizowany od 2013 r. hiszpański projekt "Dzień Sieci Natura 2000" dofinansowany ze środków programu LIFE. W 2015 r. projekt ten został zwycięzcą Nagroda Obywatelskiej w ramach konkursu Europejska Nagroda Natura 2000.

Celem ustanowienia Europejskiego Dnia Natura 2000 jest promowanie osiągnięć prawodawstwa i przepisów Unii Europejskiej związanych z programem Natura 2000 oraz korzyści, jakie przyroda dostarcza człowiekowi i gospodarce.

Głównym celem funkcjonowania Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 jest zachowanie określonych typów siedlisk przyrodniczych i gatunków roślin i zwierząt, które uważa się za cenne (znaczące dla zachowania dziedzictwa przyrodniczego Europy) i zagrożone wyginięciem w skali całej Europy. Cel ten ma być realizowany poprzez wyznaczenie  i objęcie ochroną obszarów, na których te gatunki i siedliska występują. Działania w zakresie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej flory i fauny mają służyć zachowaniu lub odtworzeniu różnorodności biologicznej Europy, co jest jednym z priorytetów działalności Unii Europejskiej. Dodatkowo państwa członkowskie zobowiązane są do podejmowania w razie potrzeby  starań w celu zachowania ekologicznej spójności sieci Natura 2000, w celu utrzymania migracji, rozprzestrzeniania i wymiany genetycznej gatunków.

Więcej informacji na temat Programu: NAtura 2000