Dobry bioindykator następujące cechy:

• Ściśle określone warunki życia

Dobre bioindykatory powinny charakteryzować stosunkowo wąskim zakresami tolerancji ekologicznej, najlepsze są gatunki stenotopowe, wyspecjalizowane.

• Długi cykl życiowy

Lepszymi bioindykatorami są gatunki długo przebywające w badanym środowisku w stanie aktywnym. Gorszymi bioindykatorami np. stanu rzek są  owady, które w środowisku wodnym przebywają zaledwie kilka tygodni, a resztę czasu spędzają poza zbiornikiem wodnym.

• Szerokie zasięgi geograficzne

Gatunki o dużych areałach rozmieszczenia geograficznego mogą być wykorzystywane w wielu krajach, dlatego gatunek może być wykorzystany w miarę uniwersalnie.

• Duża liczebność występowania

Duża liczebność umożliwia łatwe odnalezienie gatunku w środowisku - gatunki rzadkie wymagają pobrania dużej liczby prób, co jest pracochłonne i kosztowne.

• Łatwość oznaczania

Tylko gatunki, które łatwo można oznaczyć (rozpoznać, zidentyfikować), nadają się na wskaźniki.

Bioindykatory szeroko wykorzystuje się przy ocenie stanu wód. Wyróżniamy organizmy charakterystyczne zarówno dla wód o niskiej i wysokiej jakości. Indykatorem wód o najwyższej trofii, czyli niskiej jakości są sinice. Masowe zakwity sinic powodują zmianę koloru wody na niebieskozielony. Mogą powodować również zmianę konsystencji wody (niekiedy wyglądają jak zawiesista farba) lub tworzyć na jej wierzchu spienione kożuchy. Wiele gatunków zdolnych jest do produkcji biotoksyn, które w bezpośrednim kontakcie mogą powodować u ludzi i zwierząt objawy podobne do zatrucia pestycydami (nudności, bóle brzucha, alergiczne reakcje skórne itp.) Innym gatunkiem wskaźnikowym wód zanieczyszczonych są larwy muchówek z rodzaju ochotkowatych. Są charakterystycznego wyglądu, wyróżnia je wśród innych larm intensywnie czerwony kolor. Ich obecność w zbiorniki świadczy o daleko posuniętej eutrofizacji. Ciekawym wskaźnikiem jest mały małż kulkówka. Obecny jest zarówno w czystych jak i zanieczyszczonych zbiornikach. Jest wskaźnikiem zawartości tlenu w wodzie, ponieważ w zbiornikach o wysokiej zawartości tego pierwiastka w wodzie żyje on przytwierdzony do podłoża. W zbiornikach, w których natomiast tlenu brakuje, przytwierdza się on do roślin wodnych. Dodatkowo istnieje zależność: im mniej tlenu rozpuszczonego w wodzie tym Kulkówki przytwierdzają się do roślin wyżej. Bardziej różnorodne są wskaźniki czystych wód, wyróżniamy takie gatunki jak: pałka, larwy chruścików czy jętek, pijawka lekarska czy pstrąg potokowy, który zamieszkuje tylko bardzo czyste, zimne wody o dobrych warunkach tlenowych.

Bioindykatorami powietrza są porosty. Są to organizmy, które są związkiem grzyba i glona. Zarówno komórki glona, jak i grzyba czerpią z tej symbiozy korzyści. Grzyb dostarcza glonowi wodę i składniki mineralne a glon oddaje część wyprodukowanych w procesie fotosyntezy składników odżywczych. Różne gatunki porostów tworzą plechę o różnym wyglądzie. Przy ogólnej ocenie stanu powietrza nie trzeba znać konkretnych gatunków porostów, wystarczy zaobserwować ich plechę. Plechy bardziej przyległe do podłoża świadczą o niskiej jakości powietrza, te bardziej od niego odstające o wysokiej. Dla najbardziej zanieczyszczonego powietrza charakterystyczny jest brak występowania porostów lub występowanie porostów o plesze proszkowatej lub skorupiastej. W środowisku o czystym powietrzu, twarde powierzchnie są bogato porastane przez porosty o plesze krzaczkowatej.

Jednym z najszybciej rozwijających się kierunków oceny środowiska jest wykorzystanie wskaźników zwierzęcych, a wśród nich na szczególną uwagę zasługuje zastosowanie chrząszczy. Owady należące do rzędu chrząszczy wykorzystywane są jako wskaźniki zmian warunków siedliskowych, głównie wynikających z obecności i działalności człowieka. Są one również używane przy ocenie obecności niektórych pierwiastków w glebie, np. siarki. Chrząszcze z rodziny biegaczowatych wykazują także wrażliwość na związki ropopochodne znajdujące się w środowisku naturalnym.
W bioindykacji wykorzystywane mogą być również mrówki, które gromadząc w swoich tkankach toksyczne substancje mogą służyć jako „monitory” w badaniach nad obecnością metali ciężkich w glebie. Jako bioindykatory sprawdzają się również skoczogonki, których wysoka przydatność do bioindykacji wynika z dużej wrażliwość na zmiany parametrów środowiskowych, małej siły dyspersji i osiadłego trybu życia, dzięki czemu lepiej odzwierciedlają warunki lokalne niż formy cechujące się większą ruchliwością.

Bioindykacja jako metoda monitorowania stanu środowiska ma kilka niezaprzeczalnych plusów. Jest tania, dość dokładna (choć jak dotąd nie pojawił się organizm wskaźnikowy, który posiadałaby cały zestaw pożądanych cech), prosta i stanowi swoisty system wczesnego ostrzegania przed negatywnymi przemianami w środowisku.