Jednym z bardziej wszechstronnych w zastosowaniu, biologicznych środków jest kruszynek. Jest to rodzaj, który obejmuje ponad 200 gatunków, niewielkich, około milimetrowych owadów. Na rynku jest obecnie wiele różnego rodzaju preparatów zawierających żywe organizmy, które sprzyjają uprawom. Popularne jest między innymi stosowanie zawieszek z kruszynkiem na kukurydzy. Jest to skuteczny sposób na walkę z omacnicą prosowianką.
Inną z takich metod jest sadzenie odpowiednich gatunków warzyw obok siebie. Metoda ta pomoże ograniczyć ilość stosowanych środków ochrony roślin a tym samym zmniejszy wpływ uprawy na bioróżnorodność. Sąsiedztwo marchwi pozytywnie oddziałuje na cebulę, groch, koper, por, pomidory i sałatę. Bliskość uprawy sałaty, natomiast pozwoli utrzymać w zdrowiu : buraki, cebule, czosnek, koper, marchew, ogórki, pory, pomidory, rzodkiewki, szpinak czy truskawki. Plon ogórka możemy zwiększyć przez sąsiedztwo: fasoli, grochu, kopru, kukurydzy, rzodkiewki czy słonecznika. Warzywa kapustne lubią towarzystwo: buraka, cebuli, kopry, selera, szałwii i szpinaku. Trzeba pamiętać jednak , że części roślin nie powinno sadzić się obok siebie np.: sałaty i pietruszki czy ogórka i ziemniaków lub pomidorów.
Szkodniki są jednym z najpoważniejszych zagrożeń dla plonów z warzywnika czy ogrodu. Warto przemyśleć miejsca sadzenia roślin by „pomagały” sobie wzajemnie w walce z nimi. Mięta pieprzowa posadzona wśród warzyw odstrasza bielinka, mszyce i piętnówkę, chroni także przed chorobami grzybowymi. Nasturcje odstraszają natomiast ślimaki, mszyce i bielinka. Aksamitka chroni warzywa przed nicieniami atakującymi ich korzenie. Bazylia może uchronić uprawę ogórka przed mączniakiem rzekomym. Silnie pachnące rośliny zmylić mogą bielinka kapustnika i tym samych uchronić przed nim warzywa kapustne w naszym ogrodzie, dodatkowo uchronią rzodkiewkę czy kapustę pekińską przed pchełkami. Czosnek sadzony naprzemiennie z rzędami truskawek, uchroni je przed szarą pleśnią i roztoczem truskawkowym. A jeżeli chcemy chronić ogród przed gryzoniami, należy obsadzić ogrodzenie białą gorczycą.
Kolejnym narzędziem biologicznej ochrony roślin jest nadpasożytnictwo. Zjawisko to występuje, gdy pasożyt jest żywicielem innego pasożyta. W rolnictwie wykorzystuje się m. in. pasożytowanie mikroorganizmów na patogenach roślin. Przykładem takiego działania jest wprowadzenie w uprawy dotkniętej zgnilizną twardzikową, powodowanej przez grzyba Sclerotinia sclerotiorum, jego pasożyta, innego grzyba: Coniothyrium minitans. W ten sposób możemy pozbyć się czynnika chorobotwórczego czy szkodnika, nie szkodząc innym organizmom, ponieważ wprowadzony organizm będzie atakował tylko konkretny gatunek. Metody biologiczne powinny być stosowane jeśli tylko jest to możliwe w pierwszej kolejności, ponieważ są najmniej szkodliwe dla środowiska naturalnego. Dopiero gdy one nie działają, powinniśmy wprowadzać inne metody ochrony roślin.
Niezwykle ważnym dla rolnictwa zjawiskiem jest mykoryza. Jest to współżycie korzeni lub nasion roślin naczyniowych z grzybami. Jest to bardzo powszechne oddziaływanie międzygatunkowe, dotyczy około 85% roślin naczyniowych świata. Umożliwia grzybom, będącym organizmami heterotroficznymi, zaopatrzenie w związki organiczne, wytwarzane przez rośliny w procesie fotosyntezy. W zamian rośliny zaopatrywane są przez strzępki grzyba w związki mineralne, głównie fosforowe i azotowe, potwierdzono również poprawę zaopatrzenia roślin w mikroelementy takie jak cynk i miedź. Grzyby mykoryzowe wytwarzają także hormony roślinne, które po wniknięciu do organizmu rośliny regulują jej wzrost i rozwój. Inne substancje o charakterze antybiotyków wydzielane są przez grzyby do gleby zmniejszając prawdopodobieństwo zakażenia rośliny patogenami obecnymi w podłożu. By stymulować rozwój pożytecznych grzybów w glebie, należy stosować odpowiednie zabiegi agrotechniczne i stosować odpowiedzialne nawożenie. Gleba powinna być regularnie badana by móc kontrolować warunki środowiska glebowego i reagować gdy stają się niekorzystne dla grzybów mykoryzowych. Wspomóc można je także stosując szczepionki mykoryzowe, które również należą to biologicznych metod ochrony roślin.
